Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm đầu cho DN Vừa và Nhỏ: Hiểu đúng để không “mất” ưu đãi

1. Bối cảnh ban hành và ý nghĩa chính sách

Ngày 15/01/2026, Chính phủ ban hành Nghị định 20/2026/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Nghị quyết 198/2025/QH15 của Quốc hội về một số cơ chế, chính sách đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân.
Một trong những điểm mới quan trọng, có tác động trực tiếp đến cộng đồng doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp mới thành lập, là chính sách miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) trong 03 năm đầu đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa (DNNVV) đăng ký kinh doanh lần đầu.

Đây được xem là bước đi mạnh mẽ của Nhà nước nhằm:

• Khuyến khích khởi nghiệp thực chất;

• Giảm áp lực chi phí giai đoạn đầu;

• Tạo dư địa tài chính để doanh nghiệp tái đầu tư, mở rộng sản xuất – kinh doanh.

Tuy nhiên, trên thực tế, không phải mọi doanh nghiệp mới thành lập đều đương nhiên được miễn thuế. Việc hiểu sai hoặc áp dụng sai có thể khiến doanh nghiệp bị loại khỏi diện ưu đãi, thậm chí bị truy thu thuế.

2. Quy định pháp lý về miễn thuế TNDN 3 năm đầu

2.1. Đối tượng được hưởng ưu đãi

Theo khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được:

• Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm,

• Thời gian miễn thuế tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Đáng chú ý, Nghị định cũng xử lý trường hợp chuyển tiếp:
Nếu doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trước thời điểm Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực, nhưng vẫn còn thời gian ưu đãi, thì được tiếp tục hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại.

Quy định này thể hiện nguyên tắc bảo đảm quyền lợi cho doanh nghiệp, tránh “đứt gãy” chính sách.

2.2. Những trường hợp bị loại trừ – điểm dễ “vấp” nhất

Chính sách ưu đãi không áp dụng đại trà. Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP liệt kê rõ các trường hợp không được hưởng miễn thuế, gồm:

Thứ nhất, doanh nghiệp “đổi vỏ pháp lý”

Ưu đãi không áp dụng với doanh nghiệp thành lập mới do:

• Sáp nhập;

• Hợp nhất;

• Chia, tách;

• Chuyển đổi loại hình doanh nghiệp;

• Chuyển đổi chủ sở hữu.

Mục đích của quy định này là ngăn chặn tình trạng tái cấu trúc hình thức để hưởng ưu đãi thuế.

Thứ hai, kiểm soát người đại diện và người góp vốn chi phối

Doanh nghiệp sẽ không được miễn thuế nếu:

• Người đại diện theo pháp luật (trừ trường hợp không góp vốn);

• Thành viên hợp danh;

• Hoặc người có số vốn góp cao nhất,

đã từng tham gia hoạt động kinh doanh với vai trò tương tự tại:

• Doanh nghiệp đang hoạt động, hoặc

• Doanh nghiệp đã giải thể chưa đủ 12 tháng tính đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới.

Đây là điểm rất dễ bị bỏ sót trong thực tế, đặc biệt với các startup có nhà sáng lập từng điều hành doanh nghiệp trước đó.

Thứ ba, loại trừ một số khoản thu nhập

Theo điểm b3 khoản 3 Điều 7, các khoản thu nhập thuộc khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN 2025 (như thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án…) không được hưởng ưu đãi, dù doanh nghiệp đủ điều kiện về chủ thể.

3. Quyền lựa chọn ưu đãi có lợi nhất – nhưng phải “chọn một”

Nghị định cho phép, trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp có nhiều khoản thu nhập đủ điều kiện hưởng các ưu đãi thuế khác nhau, thì:

• Được quyền lựa chọn ưu đãi có lợi nhất;

• Nhưng phải áp dụng ổn định trong suốt thời gian miễn, giảm thuế, không được thay đổi giữa chừng.

Quy định này đòi hỏi doanh nghiệp phải tính toán chiến lược thuế ngay từ đầu, tránh việc lựa chọn cảm tính dẫn đến bất lợi lâu dài.

4. Trường hợp năm đầu hoạt động chưa đủ 12 tháng

Một điểm linh hoạt, rất đáng lưu ý tại khoản 5 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP:

Nếu trong kỳ tính thuế đầu tiên, doanh nghiệp có thời gian hoạt động sản xuất – kinh doanh dưới 12 tháng, thì doanh nghiệp được quyền lựa chọn:

• Áp dụng miễn thuế ngay trong kỳ tính thuế đầu tiên, hoặc

• Đăng ký với cơ quan thuế để bắt đầu miễn thuế từ kỳ tính thuế tiếp theo.

Trong thực tiễn, nhiều doanh nghiệp năm đầu chưa có lãi hoặc lãi thấp. Nếu “dùng” ưu đãi quá sớm, thì 03 năm miễn thuế trôi qua mà không mang lại lợi ích thực chất. Đây là lý do vì sao việc tư vấn pháp lý – thuế ngay từ giai đoạn thành lập là rất quan trọng.

5. Ví dụ thực tế minh họa

Ví dụ:
Công ty A (tại Nha Trang) được thành lập tháng 10/2025, thuộc loại hình doanh nghiệp nhỏ. Năm 2025, doanh nghiệp chỉ hoạt động 3 tháng và lỗ nhẹ.
Nếu Công ty A chọn miễn thuế ngay năm 2025, thì 03 năm miễn thuế sẽ là 2025–2027. Trong khi đó, năm 2026–2027 doanh nghiệp mới bắt đầu có lãi.

Trong trường hợp này, phương án đăng ký bắt đầu miễn thuế từ năm 2026 sẽ giúp Công ty A tận dụng tối đa ưu đãi, thay vì “lãng phí” năm 2025.

6. Nhận định và khuyến nghị pháp lý

Chính sách miễn thuế TNDN 3 năm đầu cho DNNVV là cơ hội lớn, nhưng cũng là “bài kiểm tra” về hiểu biết pháp luật và chiến lược quản trị.

Doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý:

• Rà soát kỹ lịch sử pháp lý của người đại diện và cơ cấu góp vốn;

• Phân loại rõ nguồn thu nhập được ưu đãi và không được ưu đãi;

• Chủ động lựa chọn thời điểm bắt đầu miễn thuế phù hợp với tình hình kinh doanh;

• Lưu trữ đầy đủ hồ sơ, tránh rủi ro khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.

Thông tin liên hệ tư vấn

CÔNG TY LUẬT TNHH VŨ & ĐỒNG NGHIỆP
🏢 Trụ sở: Số 16 Mạc Đĩnh Chi, Phường Nha Trang, Tỉnh Khánh Hòa
📩 Email: LawyerVuNhuHao@gmail.com
🌐 Website: https://luatsukhanhhoa.com
☎️ Hotline/Zalo: 0914 086 292
🌎 Cộng đồng tư vấn pháp luật miễn phí: https://zalo.me/g/lttnup938